用Pfam-A建議BLAST之計分表(Scoring Matrix)與空格罰分(Gap Penality)

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Title:	用Pfam-A建議BLAST之計分表(Scoring Matrix)與空格罰分(Gap Penality)
Authors:	陳中興;Zhong-Xing Cheng
Contributors:	數學研究所
Keywords:	生物資訊;序列比對;計分表;格罰分;bioinformatics;equence alignment
Date:	2001-06-27
Issue Date:	2009-09-22 11:05:24 (UTC+8)
Publisher:	國立中央大學圖書館
Abstract:	對於BLAST的使用者而言,眾多的參數設定往往是一個重要的步驟。其中占有舉足輕重的參數,就是所謂的計分表(scoring matrix)與空格罰分(gap penality)。本文之目的乃是以Karlin & Altschul之理論為基礎,提出以物種為考慮因素的新計分表與空格罰分。並以BLOSUM系列為比較對象,發現在Pfam資料庫中,大腸桿菌(Escherichia coli)、線蟲(Caenorhabditis elegans) 、果蠅(Drosophila)、老鼠(Mus musculus)與人類(Homo sapiens)等五物種所形成的新計分表都介於BLOSUM 35 至 BLOSUM 40之間。
Appears in Collections:	[Graduate Institute of Mathematics] Electronic Thesis & Dissertation

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